En toda la cuenca de Gallocanta la flora irá variando en función del relieve y de su proximidad a la laguna.

De esta manera en las laderas de las sierras podremos encontrar bosques de encinas, robles y quejigos. Mientras que en las llanuras alrededor de la laguna, aparecen cultivos de cereal y algún campo de azafrán.

En los márgenes de la laguna, los aportes de agua dulce de los arroyos permiten que se formen praderas húmedas y juncos en los suelos más encharcados.

El aumento de la salinidad, conforme nos vamos acercando a la laguna, nos ofrece un espectáculo de prados salinos donde destaca la Puccinellia pungens, una planta endémica de la zona que florece en el mes de julio con diminutas flores verdes-purpúreas. Forma enormes céspedes sobre los suelos salinos de la laguna pero sin llegar hasta el agua. Está contemplada como especie en peligro de extinción.

Ya en los bordes, sólo las plantas halófilas consiguen sobrevivir adaptándose a la salinidad del terreno, formando playas de limos salinos (tarquines) habitadas por especies como la Salicornia ramosissima o mamellada, la Frankenia reuterii o tomillejo y las espinosas Salsola kali. Los carrizos (Phragmites australis) y las espadañas (Thypha sp.) con sus tallos emergentes y raíces bajo el agua, aparecen en los lugares donde el aporte de agua dulce es mayor.

En las aguas de la laguna, de alta concentración salina y escasa profundidad, encontramos algas verdes (Chromulina, Nannochloris) y cianofíceas (Spirulina), al igual que otras especies en el zooplancton.

Mientras que en los fondos de la laguna, densas praderas subacuáticas de fanerógamas filamentosas (Lamprothamnium papulosum, Chara galoides,...) cubren los fondos y sirven de alimento a los grupos de aves buceadoras que se reúnen periódicamente en Gallocanta.