Los vestigios más antiguos de ocupación humana en el municipio de Gallocanta corresponden a la época del Bronce Antiguo, con elementos cerámicos y de sílex. De épocas posteriores se pueden reseñar los restos celtíberos de muros de grandes piedras hallados dentro del casco urbano, en la misma zona que en años medievales ocuparía el castillo.

Por lo demás, apenas existen datos del devenir de estas tierras hasta su conquista por Alfonso I el Batallador, hacia 1120. A partir de esa fecha pasaron a formar parte del señorío de Daroca. Durante más de cien años Gallocanta fue considerada como un mero barrio de Daroca, hasta que en 1248 Jaime I concedió un privilegio por el que se constituyó la Comunidad de Aldeas de Daroca. Dentro de la Comunidad de Aldeas, Gallocanta dio nombre a uno de sus distritos administrativos, que englobaba todas las aldeas de la comunidad ubicadas en la cuenca de la laguna, salvo Tornos, y algunas más a ambos lados del río Jiloca.

La primera vez que se cita en un documento el nombre de Gallocanta es en 1205, cuando el obispo de Zaragoza, Raimundo de Castrocol, asignó a las iglesias de Daroca las rentas y diezmos de gran parte de las aldeas que dependían de ella.

Al estar en primera línea fronteriza, la zona de la laguna desempeñó un papel relevante durante la Edad Media en las guerras que enfrentaron a Aragón y a Castilla. El castillo de Gallocanta, mantenido a expensas de los propios aldeanos, estaba ubicado en un altozano dentro del pueblo y con muy buena visibilidad desde casi toda la cuenca de la laguna. Hoy en día no quedan casi restos del mismo, ya que fue desmantelado y su piedra reutilizada en otras edificaciones. Se pueden ver algunos de sus sillares en construcciones próximas a su ubicación original y en los muros de la iglesia.

La primitiva aldea, que contaba con un molino documentado desde antes de 1333, se extendería por los alrededores del castillo, barrio que hoy se denomina de San Andrés y donde se ubicaba el cementerio, que tendría una iglesia aneja. El casco urbano se fue extendiendo hacia el oeste, por la calle de San Pedro, de tal forma que se llega a urbanizar la zona entre el castillo y la actual iglesia parroquial, construida en el siglo XVIII al lado de un pequeño cementerio. Así, el centro neurálgico de la localidad pasa a ser la zona de la plaza, donde se ubicaban la mayoría de los servicios públicos, la herrería, el edificio del concejo y las escuelas. La Calle Mayor, por donde discurre la carretera que atraviesa el pueblo, fue, con posterioridad, la arteria principal que articulaba el urbanismo de la localidad. La última zona de crecimiento del casco urbano tradicional de Gallocanta sería la parte construida al norte de la Calle Mayor, cuyo mayor exponente sería el barrio del Rabal o Arrabal.